用于衡量基因組不穩(wěn)定性的試劑盒、探針及其應用

基本信息

申請?zhí)?/td> CN202011360943.7 申請日 -
公開（公告）號 CN112662767B 公開（公告）日 2021-08-06
申請公布號 CN112662767B 申請公布日 2021-08-06
分類號 C12Q1/6886 分類 生物化學；啤酒；烈性酒；果汁酒；醋；微生物學；酶學；突變或遺傳工程;
發(fā)明人 焦陽;陳冬菊;宋程程;蔡宇航;李紅梅;孟培;王春麗;邵明輝;石太平 申請（專利權）人 華大生物科技（武漢）有限公司
代理機構 北京清亦華知識產權代理事務所（普通合伙） 代理人 周慧云
地址 518083 廣東省深圳市鹽田區(qū)洪安三街21號華大綜合園7棟7層-14層
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明提出用于衡量基因組不穩(wěn)定性的試劑盒及其應用，試劑盒含有的探針集合是通過下列步驟確定的：將參考基因組序列劃分為多個一級區(qū)域，一級區(qū)域含有至少一個已知的SNP位點；針對多個一級區(qū)域的每一個，進行SNP過濾；選擇缺口區(qū)域；基于預期間隔，將缺口區(qū)域劃分為至少一個二級區(qū)域；針對至少一個二級區(qū)域的每一個，分別進行二級高頻SNP搜尋：由二級區(qū)域的中心點向兩側至少一次延伸處理；和在至少一次延伸預定長度之后，在所得到的區(qū)域中尋找頻率最高的SNP，基于一級高頻SNP和二級高頻SNP匯總作為起始點SNP，確定三級區(qū)域；和基于三級區(qū)域，構建特異性識別三級區(qū)域的探針。利用該方法，能夠有效地獲得能夠有效地用于分析基因組不穩(wěn)定性的探針組合。