全細(xì)胞蛋白和基因相互作用網(wǎng)絡(luò)分析系統(tǒng)

基本信息

申請(qǐng)?zhí)?/td> CN201010202475.0 申請(qǐng)日 -
公開（公告）號(hào) CN102289432A 公開（公告）日 2011-12-21
申請(qǐng)公布號(hào) CN102289432A 申請(qǐng)公布日 2011-12-21
分類號(hào) G06F17/30(2006.01)I 分類 計(jì)算；推算；計(jì)數(shù);
發(fā)明人 蘇峰;李奇;李睿 申請(qǐng)（專利權(quán)）人 上海其明信息技術(shù)有限公司
代理機(jī)構(gòu) - 代理人 -
地址 201210 上海市浦東新區(qū)張江路725號(hào)7樓C座
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明是一種全細(xì)胞蛋白和基因相互作用網(wǎng)絡(luò)，屬于生物學(xué)和計(jì)算機(jī)數(shù)據(jù)庫技術(shù)相結(jié)合的領(lǐng)域。目前常用的蛋白間相互作用數(shù)據(jù)來自于KEGG(京都基因與基因組百科全書)，然而，該數(shù)據(jù)庫將細(xì)胞內(nèi)不同功能的信號(hào)通路分別構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)，人為地割裂了全細(xì)胞范圍的相互作用網(wǎng)絡(luò)。本發(fā)明將解析KEGG數(shù)據(jù)庫，將KEGG數(shù)據(jù)庫的多種功能間相互做關(guān)系連通，并連接了所有常用蛋白相互作用數(shù)據(jù)庫，共同構(gòu)筑了全細(xì)胞網(wǎng)絡(luò)分析系統(tǒng)。Signal-Net解構(gòu)了KEGG數(shù)據(jù)庫，突破了KEGG-Pathway數(shù)據(jù)庫中基因間相互作用關(guān)系局限于某一Pathway的限制。因此，Signal-Net在全KEGG-Pathway數(shù)據(jù)庫的范圍內(nèi)篩選某個(gè)蛋白的上游或下游蛋白。在此，本發(fā)明將滿足數(shù)據(jù)篩選條件的基因分別構(gòu)建實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組基因網(wǎng)絡(luò)。