一種高密度遺傳圖譜的構(gòu)建方法

基本信息

申請?zhí)?/td> CN201710804279.2 申請日 -
公開（公告）號 CN107644150B 公開（公告）日 2021-03-19
申請公布號 CN107644150B 申請公布日 2021-03-19
分類號 G16B40/00(2019.01)I;G16B20/20(2019.01)I 分類 物理
發(fā)明人 蔡慶樂;唐耀華;何榮軍 申請（專利權(quán)）人 杭州和壹基因科技有限公司
代理機(jī)構(gòu) 杭州中成專利事務(wù)所有限公司 代理人 唐銀益
地址 310051浙江省杭州市濱江區(qū)長河街道聚才路88號遠(yuǎn)方科技中心15樓
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明提供了一種高密度遺傳圖譜的構(gòu)建方法，步驟是1)根據(jù)遺傳分離群體高通量測序數(shù)據(jù)中得到的SNP標(biāo)記，對標(biāo)記進(jìn)行基因型分型和過濾，再計算兩兩之間的重組率；2)利用步驟1)算得的重組率，采用分層聚類算法根據(jù)前述遺傳分離群體的染色體數(shù)對SNP標(biāo)記進(jìn)行分組，得到與染色體數(shù)對應(yīng)的連鎖群；3)采用最小生成樹算法對標(biāo)記進(jìn)行排序，對排序后的SNP標(biāo)記進(jìn)行補(bǔ)缺失和糾錯處理，最后計算遺傳距離得到遺傳圖譜。本發(fā)明針對不同的遺傳分離群體高效、高準(zhǔn)確率的構(gòu)建遺傳圖譜，為后續(xù)的生物信息學(xué)分析和遺傳學(xué)研究提供有力支持。??