一種基于三代PacBio測(cè)序數(shù)據(jù)的scaffold構(gòu)建方法

基本信息

申請(qǐng)?zhí)?/td> CN201610326888.7 申請(qǐng)日 -
公開（公告）號(hào) CN106022003B 公開（公告）日 2019-03-29
申請(qǐng)公布號(hào) CN106022003B 申請(qǐng)公布日 2019-03-29
分類號(hào) G16B40/00（2019.01）I; G16B20/30（2019.01）I 分類 物理
發(fā)明人 王軍一; 詹東亮; 范崇儀; 蔡慶樂; 何榮軍; 王兆寶; 岳偉 申請(qǐng)（專利權(quán)）人 杭州和壹基因科技有限公司
代理機(jī)構(gòu) 杭州中成專利事務(wù)所有限公司 代理人 杭州和壹基因科技有限公司
地址 310052 浙江省杭州市濱江區(qū)長(zhǎng)河街道聚才路88號(hào)遠(yuǎn)方科技中心15樓
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明提供一種基于三代PacBio測(cè)序數(shù)據(jù)的scaffold構(gòu)建方法，大大降低了比對(duì)時(shí)間，從而明顯提高了構(gòu)建scaffold的速度。本法先從contig中提取unique?kmer，再使用unique?kmer作為seed，將contig比對(duì)到三代PacBio數(shù)據(jù)，最后處理比對(duì)信息來(lái)構(gòu)建scaffold。基于本法來(lái)構(gòu)建scaffold，通常情況在一天的時(shí)間內(nèi)就能完成scaffold構(gòu)建。