一種哺乳動物微小核糖核酸基因預(yù)測的方法

基本信息

申請?zhí)?/td> CN201010572052.8 申請日 -
公開（公告）號 CN102485904A 公開（公告）日 2012-06-06
申請公布號 CN102485904A 申請公布日 2012-06-06
分類號 C12Q1/68(2006.01)I 分類 生物化學(xué)；啤酒；烈性酒；果汁酒；醋；微生物學(xué)；酶學(xué)；突變或遺傳工程;
發(fā)明人 陳喆;吳劍丙;劉培;葛宇清;潘輝 申請（專利權(quán)）人 深圳市普力朗生物科技有限公司
代理機構(gòu) - 代理人 -
地址 310006 浙江省杭州市郵電路54號
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明根據(jù)哺乳動物微小核糖核酸(microRNA)前體序列具有高度跨物種保守性的特點，從已知的微小核糖核酸序列出發(fā)，找到了一種可行的基于同源預(yù)測的微小核糖核酸基因鑒定的生物信息學(xué)方法，可直接針對微小核糖核酸基因進(jìn)行鎖定，以便于進(jìn)一步的生物學(xué)實驗驗證。本發(fā)明主要包括如下流程：步驟1：獲取已知哺乳動物的微小核糖核酸前體發(fā)卡環(huán)序列；步驟2：獲得未知物種的基因組序列；步驟3：利用局部比對，從基因組內(nèi)尋找微小核糖核酸的同源序列；步驟4：根據(jù)一定的標(biāo)準(zhǔn)篩選潛在的前體序列；步驟5：利用核糖核酸(RNA)二級結(jié)構(gòu)折疊軟件生成二級結(jié)構(gòu)；步驟6：計算二級結(jié)構(gòu)自由能，篩選合格微小核糖核酸前體；步驟7：預(yù)測微小核糖核酸成熟體。最終，對于感興趣的微小核糖核酸，可以直接進(jìn)行實驗驗證。