高通量測序數(shù)據(jù)質(zhì)量過濾方法和過濾裝置

基本信息

申請?zhí)?/td> CN201611236128.3 申請日 -
公開（公告）號 CN106777262A 公開（公告）日 2017-05-31
申請公布號 CN106777262A 申請公布日 2017-05-31
分類號 G06F17/30(2006.01)I;G06F19/16(2011.01)I 分類 計算；推算；計數(shù);
發(fā)明人 陳晨;王震;于偉文 申請（專利權）人 上海諾翌生物技術有限公司
代理機構 北京邦信陽專利商標代理有限公司 代理人 上海華點云生物科技有限公司
地址 200335 上海市長寧區(qū)廣順路33號8幢490室
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明公開了一種對高通量測序數(shù)據(jù)進行質(zhì)量過濾的方法和裝置，所述方法包括：根據(jù)所述高通量測序數(shù)據(jù)為并行計算做準備；通過并行計算過濾掉準備好的數(shù)據(jù)中質(zhì)量不達標的數(shù)據(jù)。確定質(zhì)量轉換方式；數(shù)據(jù)切分；生成并行計算的執(zhí)行實體。將第一文件和第二文件分別轉換為第一RDD和第二RDD；將第一RDD和第二RDD分別切分為第一partition組和第二partition組；將第一RDD和第二RDD合并為第三RDD；將第三RDD切分為第三partition組。生成對第三partition組進行并行計算的執(zhí)行實體task。采用本發(fā)明的技術方案，能夠大大提高對高通量測序數(shù)據(jù)進行質(zhì)量過濾的執(zhí)行速度。