一種基于10X單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)的分析方法

基本信息

申請(qǐng)?zhí)?/td> CN201910246518.6 申請(qǐng)日 -
公開（公告）號(hào) CN109979538B 公開（公告）日 2021-10-01
申請(qǐng)公布號(hào) CN109979538B 申請(qǐng)公布日 2021-10-01
分類號(hào) G16B30/00（2019.01）I;G06K9/62（2006.01）I 分類 物理
發(fā)明人 夏昊強(qiáng);周煌凱;高川;張羽;陶勇;羅玥;邢燕;張秋雪 申請(qǐng)（專利權(quán)）人 廣州基迪奧生物科技有限公司
代理機(jī)構(gòu) 廣州三環(huán)專利商標(biāo)代理有限公司 代理人 顏希文;宋靜娜
地址 510000廣東省廣州市廣州國(guó)際生物島螺旋三路6號(hào)第五層501、502單元
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明公開了一種基于10X單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)的分析方法，包括步驟：S1，測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控和表達(dá)量定量；S2，基于10X單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行單細(xì)胞亞群分類；S3，差異表達(dá)基因分析：篩選細(xì)胞亞群上調(diào)表達(dá)的基因，采用Seurat的bimod似然比統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)，分別對(duì)不同類細(xì)胞群進(jìn)行基因差異表達(dá)分析；S4，差異基因功能分析：根據(jù)S3獲得的差異表達(dá)基因，進(jìn)行差異表達(dá)基因GO功能分析和/或差異表達(dá)基因KEGG功能分析；S5，標(biāo)記基因篩選與分析：包括標(biāo)記基因篩選、標(biāo)記基因表達(dá)分布、標(biāo)記基因蛋白網(wǎng)絡(luò)分析；方法還包括步驟S6，細(xì)胞軌跡分析：包括單細(xì)胞軌跡的構(gòu)建、差異表達(dá)基因的分析、細(xì)胞軌跡分支分析。采用本發(fā)明的方法分析10X單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)更準(zhǔn)確、更豐富。