基于光學圖譜平臺Irys的一種de novo測序數據組裝方法

基本信息

申請?zhí)?/td> CN201610211082.3 申請日 -
公開（公告）號 CN106021978A 公開（公告）日 2016-10-12
申請公布號 CN106021978A 申請公布日 2016-10-12
分類號 G06F19/18(2011.01)I 分類 計算；推算；計數;
發(fā)明人 馬豐收;張藝;何飛;劉洋 申請（專利權）人 晶能生物技術（上海）有限公司
代理機構 上海晨皓知識產權代理事務所（普通合伙） 代理人 成麗杰
地址 201111 上海市閔行區(qū)元江路5500號第2幢1187室
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明涉及一種基于光學圖譜平臺Irys的一種denovo測序數據組裝方法，使用光學圖譜平臺Irys得到基因組裝文件；同時，拿到NGS的scaffold文件：fai文件；數據預處理：通過設定閾值，過濾掉可信度低的比對結果，合并cmap文件，排序，計算N50；組裝效果統計：統計BioNano與NGS比對結果，包括BioNano的contig與NGS的scaffold長度、個數以及總量；根據BioNano的contig與NGS的scaffold之間的網絡拓撲關系，分類分析組裝出的新的contig長度與scaffold長度?？梢暂o助基因組組裝，明顯提高物種的基因組裝效果。