一種基于比對算法構(gòu)建探針特異性數(shù)據(jù)庫的方法

基本信息

申請?zhí)?/td> CN201910397443.1 申請日 -
公開（公告）號 CN110136780B 公開（公告）日 2022-03-04
申請公布號 CN110136780B 申請公布日 2022-03-04
分類號 G16B50/30（2019.01）I;G06F16/21（2019.01）I 分類 物理
發(fā)明人 楊冰;蔡霖霖;錢剛;郎洪天;潘石玄偉;李璐璐 申請（專利權(quán)）人 杭州鏈康醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室有限公司
代理機(jī)構(gòu) 杭州信與義專利代理有限公司 代理人 萬景旺
地址 310018浙江省杭州市下沙經(jīng)濟(jì)技術(shù)開發(fā)區(qū)6號大街260號中自科技園1幢2樓西
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明涉及計(jì)算機(jī)和生物信息學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，公開一種基于比對算法構(gòu)建的探針特異性數(shù)據(jù)庫，使得探針特異性分析結(jié)果既準(zhǔn)確又能縮短運(yùn)算時(shí)間，迅速得到結(jié)果。本發(fā)明中構(gòu)建數(shù)據(jù)庫為主要步驟，包括設(shè)置探針雜交的最小長度，打碎基因組；將探針比對到基因組上；統(tǒng)計(jì)每條序列所能抓取基因組的次數(shù)；對每個(gè)位置的所有序列取最大的數(shù)字為包含這個(gè)位置短序列的最大可能抓取次數(shù)；構(gòu)建探針比對數(shù)據(jù)庫；還原結(jié)果等步驟。本發(fā)明中的數(shù)據(jù)庫，可以極大限度的提高探針比對的效率，且只需要對特定實(shí)驗(yàn)條件環(huán)境構(gòu)建一次，即可持續(xù)使用。此外，本數(shù)據(jù)庫可適用于最普通的PC或服務(wù)器，只需要下載構(gòu)建好的數(shù)據(jù)庫即可自行對探針特異性進(jìn)行分析。