一種在單細(xì)胞水平上檢測(cè)基因組上核小體排布的方法

基本信息

申請(qǐng)?zhí)?/td> CN201710206067.4 申請(qǐng)日 -
公開(kāi)（公告）號(hào) CN106987629B 公開(kāi)（公告）日 2021-01-15
申請(qǐng)公布號(hào) CN106987629B 申請(qǐng)公布日 2021-01-15
分類號(hào) C12Q1/6869 分類 生物化學(xué)；啤酒；烈性酒；果汁酒；醋；微生物學(xué)；酶學(xué)；突變或遺傳工程;
發(fā)明人 高紹榮;高亞威;劉曉雨;陳川;陳嘉瑜;陳珺 申請(qǐng)（專利權(quán)）人 上海捷易生物科技有限公司
代理機(jī)構(gòu) 上海滬慧律師事務(wù)所 代理人 上海捷易生物科技有限公司;上海市第一婦嬰保健院
地址 201204 上海市浦東新區(qū)高科西路2699號(hào)
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明涉及一種在單細(xì)胞水平上檢測(cè)基因組上核小體排布的方法，包括如下步驟：(1)裂解細(xì)胞，并用微球核酸酶處理基因組上的DNA片段；(2)將步驟(1)中酶切后的產(chǎn)物用蛋白酶處理，去掉DNA片段纏繞的組蛋白；(3)將步驟(2)中得到的DNA片段進(jìn)行測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建，并進(jìn)行高通量測(cè)序；(4)對(duì)高通量測(cè)序的結(jié)果進(jìn)行比對(duì)分析，并對(duì)測(cè)序結(jié)果的質(zhì)量進(jìn)行評(píng)估，包括在基因組上的覆蓋度、片段長(zhǎng)度分布、在轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)和CTCF結(jié)合位點(diǎn)的核小體排布。本發(fā)明方法通過(guò)盡量減少DNA純化次數(shù)來(lái)減少損失，提高文庫(kù)構(gòu)建效率，進(jìn)而可以利用極少量的細(xì)胞甚至單個(gè)細(xì)胞在全基因組水平上檢測(cè)細(xì)胞的核小體排布。