篩選甲基化PCR檢測的目標(biāo)區(qū)域的方法、試劑盒及應(yīng)用

基本信息

申請(qǐng)?zhí)?/td> CN201810059375.3 申請(qǐng)日 -
公開（公告）號(hào) CN108410980A 公開（公告）日 2018-08-17
申請(qǐng)公布號(hào) CN108410980A 申請(qǐng)公布日 2018-08-17
分類號(hào) C12Q1/6886;C12N15/11 分類 生物化學(xué)；啤酒；烈性酒；果汁酒；醋；微生物學(xué)；酶學(xué)；突變或遺傳工程;
發(fā)明人 葉明芝;鄭春婷;曾柳紅;李志隆;宋炎;茅矛 申請(qǐng)（專利權(quán)）人 華大數(shù)極生物科技（深圳）有限公司
代理機(jī)構(gòu) 深圳鼎合誠知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 代理人 深圳華大基因股份有限公司;廣州華大基因醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)所有限公司;深圳華大臨床檢驗(yàn)中心;華大數(shù)極生物科技（深圳）有限公司
地址 518083 廣東省深圳市鹽田區(qū)洪安三街21號(hào)華大綜合園7棟7層-14層
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本申請(qǐng)公開了一種篩選甲基化PCR檢測的目標(biāo)區(qū)域的方法、試劑盒及應(yīng)用。本申請(qǐng)的方法包括(1)從數(shù)據(jù)庫中獲取待分析腫瘤甲基化芯片及對(duì)應(yīng)轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)；(2)統(tǒng)計(jì)正常組與癌癥組的甲基化程度值，篩選不同組別中具有顯著差異的甲基化位點(diǎn)；(3)聯(lián)合轉(zhuǎn)錄組測序表達(dá)譜的分析，統(tǒng)計(jì)相關(guān)系數(shù)，篩選負(fù)相關(guān)位點(diǎn)；(4)將步驟(3)獲取的甲基化候選位點(diǎn)，與披露的相關(guān)文獻(xiàn)關(guān)聯(lián)，篩選獲得文獻(xiàn)支持報(bào)道多且組間甲基化差異程度大、表達(dá)量負(fù)相關(guān)位點(diǎn)；使用回歸算法，獲取最佳敏感性、特異性的位點(diǎn)集合，即目標(biāo)區(qū)域。本申請(qǐng)的方法，綜合分析數(shù)據(jù)庫、轉(zhuǎn)錄組測序和文獻(xiàn)，并結(jié)合多重?cái)?shù)據(jù)過濾和回歸算法，能靈敏、特異的獲得甲基化PCR檢測目標(biāo)區(qū)域。