一種基于二代測(cè)序數(shù)據(jù)的HLA分型方法

基本信息

申請(qǐng)?zhí)?/td> CN202110559161.4 申請(qǐng)日 -
公開(kāi)（公告）號(hào) CN113409890A 公開(kāi)（公告）日 2021-09-17
申請(qǐng)公布號(hào) CN113409890A 申請(qǐng)公布日 2021-09-17
分類號(hào) G16B30/10（2019.01）I 分類 物理
發(fā)明人 叢華劍;張倩;郭現(xiàn)超;洪軻;陳守林;王燕 申請(qǐng)（專利權(quán)）人 銀豐基因科技有限公司
代理機(jī)構(gòu) 濟(jì)南泉城專利商標(biāo)事務(wù)所 代理人 趙玉鳳
地址 250100山東省濟(jì)南市高新區(qū)港興三路1109號(hào)二期產(chǎn)業(yè)樓905室
法律狀態(tài) -

摘要

摘要 本發(fā)明公開(kāi)了一種基于二代測(cè)序數(shù)據(jù)的HLA分型方法，本方法首先構(gòu)建HLA參考序列數(shù)據(jù)庫(kù)，然后進(jìn)行二代測(cè)序數(shù)據(jù)分析。二代測(cè)序數(shù)據(jù)分析包括原始HLA數(shù)據(jù)質(zhì)控與過(guò)濾、HLA參考序列進(jìn)行序列比對(duì)、統(tǒng)計(jì)比對(duì)結(jié)果、重構(gòu)HLA參考序列、進(jìn)行二次比對(duì)和統(tǒng)計(jì)比對(duì)結(jié)果。二代測(cè)序數(shù)據(jù)分析后利用聚類算法與HLA序列特征判斷序列雜合位置；根據(jù)雜合位置進(jìn)行局部重比對(duì)，分離出單倍型序列；根據(jù)單倍型序列遍歷HLA數(shù)據(jù)庫(kù)，匹配出最佳HLA型別。本發(fā)明的分型方法可準(zhǔn)確獲得HLA型別結(jié)果，整體準(zhǔn)確率在99%以上，大大提高了HLA二代測(cè)序數(shù)據(jù)的分析效率。